画面右下の[MENUS]から"ムービー"を選択します。
画面下にある左のような画面で、チャプターを追加したいところで、ダブルクリックすると、チャプターが追加されます。
(現在のフレーム位置を示すマークが近くに有る場合、赤矢印の辺をダブルクリックした方が反応が良いみたいです)
チャプターが追加されると上のような画面なります。
赤矢印の部分をクリックし、ボタンを[C]に切り替え、チャプターの▼マークを選択して、チャプターポイントの位置をキーボードで手入力することもできます。
同様の操作を全てのムービーに対して行います。
また、メニュー画面で、ムービーのリンクされているボタンを選択しながら、チャプターを作成することも可能になっているようです。
チャプターポイントをメニューのボタンにリンクする場合は、メニュー画面でチャプターの▼マークをボタンにDrag&Dropする事により可能です。