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最初の書き込みを読んで「VideoStudio 5.0 SEでもできるはずだ」と思いましたが、
AVIUtlで環境設定さえ（自分好みに）すれば、そちらのが操作性が高いと思うので、
傍観していました。
ところが、AVIUtlで駄目との事なので、少しばかり思いつくことを書いてみます。
まず、AVIの種類が書かれていないので、
> ビデオカメラ(ビデオデッキ)との間では，複数の始点(in点)と終点(out点)を指定し，
> 一括キャプチャ(バッチキャプチャ)はできるのです
という記述から、DVキャプチャしたDV-AVIと推測して話を進めますので、違ってたら
ごめんなさい。ちなみに、DVcodecの種類までは予想してません。
(1) AVIUtlでAVIを扱う場合
入力プラグインが必要なのだと思います。詳しくは知らないので、オススメ等は
ありませんが、Googleで「AVIUｔｌ 入力プラグイン DV」と検索すると
「DirectShow File Reader プラグイン for AviUtl」がヒットします。
そういったものが必要なのでしょう。複数のDVcodecで、この対処法の経験があります。
(2) VideoStudioを使う場合
今、手元に動く環境がないので、用語などを使った説明が出来ませんが、先述の通り、
可能だったはずです。最後の工程で、ムービーの書き出し、といったアイコンが
あったと思います。そこで、フォーマットをオプションで選択する際に、スマート
レンダリング（トランジョン等、再圧縮の必要な部分以外は再圧縮しない）モードが
onに出来るはずで、そうすればDVエンコードが無く、ファイル書きだしだけです。
その他の既出アプリケーションは経験がないので、省きます。
> 複数の好きな部分を取り出して別の1ファイルまたは複数ファイルに書き出す
という記述から、DVに戻すという前提で書きましたが、その場合は、スマート
レンダリング可能な(2)が良いと思います。ですが、DVD-Video作成が目的ならば、
エンコード環境によって、オススメが違ってきます。
最初の前提に書いた通り、元のフォーマットが分からないのと、最後に書いたとおり、
出力フォーマットも分からないので、その部分を明確にすれば、もう少し突っ込んだ
話に発展するかと思います。よろしかったら、書いてみてはどうですか？
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